Κατά τους σκοτεινούς αιώνες της μουσουλμανικής οθωμανικής κυριαρχίας, η Ιωνία υπήρξε χώρος μεγάλης οικονομικής και πνευματικής ανάπτυξης των Ελλήνων. Η Σμύρνη αποτελούσε το δεύτερο εθνικό κέντρο μετά την Κωνσταντινούπολη. Τα σχολεία της, όπως και αυτά των Κυδωνιών (Αϊβαλί), υπήρξαν εστίες με μεγάλη πνευματική ακτινοβολία. Η πνευματική ανάπτυξη της Ιωνίας θα εκφραστεί το 1819 με την ίδρυση τυπογραφείου στο Αϊβαλί, σε οίκημα της εκκλησίας της Παναγίας της Ορφανής. Η πρώτη του έκδοση είναι μια “Ωδή”της Ευανθίας Καϊρη και ένα στιχούργημα προς τιμήν του A. Didot. Η εκδοτική δραστηριότητα θα παύσει μετά την έκρηξη της επανάστασης και την καταστροφή της πόλης στις 3 Ιουνίου 1821.
Ένας από τους κορυφαίους εμπνευστές της ελληνικής πολιτικής αναγέννησης, ο Αδαμάντιος Κοραής, ήταν Σμυρνιός. Το κίνημα της Φιλικής Εταιρείας είχε βρει γόνιμο έδαφος στην Ιωνία. Πολλοί Έλληνες της Ιωνίας έσπευσαν στην επαναστατημένη Ελλάδα για να πολεμήσουν τους κατακτητές. Οι παραθαλάσσιες ελληνικές πόλεις της Μικράς Ασίας έδιναν σημαντική βοήθεια στους επαναστάτες, προκαλώντας την οργή των Οθωμανών.
Πυρπόληση_τουρκικού_δικρότου_από_τον_Δημήτρη_Παπανικολή.
Με αφορμή την ανατίναξη ενός οθωμανικού πλοίου από μπουρλοτιέρηδες στο λιμάνι της Ερεσσού, στα τέλη του Μαϊου του 1821, έδωσε την αφορμή για την καταστροφή του Αϊβαλιού και των 30.000 Ελλήνων κατοίκων του. Ο Δημήτρης Φωτιάδης περιγράφει ως εξής την καταστροφή της ιωνικής πόλης: “…η μισοαυτόνομη πες εκείνη πολιτεία στα Μικρασιατικά παράλια συγκέντρωσε το φθόνο και τη βουλιμία της αρπαγής του δυνάστη. Γενίτσαροι, ζεϊμπέκια, ταγκαλάκια, γιουρούκηδες άρχισαν να μαζεύονται για να τη διαγουμίσουν. Οι λάμψεις του ντελινιού της Ερεσσού στάθηκαν το σύνθημα ν’ αρχίσουν οι σφαγές. Στέλνουνε μήνυμα στο στόλο μας, που καθώς είπαμε βρισκόταν σ’ εκείνα τα νερά, να τους γλυτώσει από σίγουρο χαμό. Φουντάρουν τα καράβια μας έξω από το λμάνι του Αϊβαλιού, καθώς τα νερά του ρηχά και δεν μπορούσαν να αράξουν μέσα σ’ αυτό. Κατεβάζουν τις σκαμπαβίες και τις φελούκες τους, βάζουν σε μερικές απ’ αυτές μικρά κανόνια και τρέχουν στην ξηρά. Τους δρόμους τους διαφεντεύει κιόλας ο θάνατος, όπως οι Τούρκοι είχανε ξεχυθεί στην πολιτεία καίοντας και σφάζοντας. Τους χτυπάνε οι μαρινάροι μας και τους πισωγυρίζουν. Κι ο λαός ξεχύνεται με την αγωνία της σωτηρίας στην χυχή και τους μπόγους της προσφυγιάς στο χέρι, στις σκαμπαβίες και στις φελούκες. Φορτωμένες ως τα μπούνια, κουβαλάνε αδιάκοπα στα καράβια μας τη Ρωμιοσύνη που αποζήταγε, για μια ακόμα φορά, να βρει τη σωτηρία στη φυγή.
Καταστροφή Κυδωνιών(Α’ι’βαλι),το 1821.
Μα που να χωρέσουν τόσες χιλιάδες ψυχές; Σε λίγο κινδύνευαν να βουλιάξουν τα καράβια μας από το πλήθος της δυστυχίας που σωριάστηκε σ’ αυτά. Σ’ ένα μονάχα, στον “Αγαμέμνονα” του Τσαμαδού, 870 ψυχές έιχαν πλημμυρίσει το πόντε του, τους κοραδούρους του, τ’ αμπάρια του.
Όσοι δεν ήταν πια τρόπος να βρούνε λίγο τόπο στα καράβια μας. Απόμειναν στην ξηρά. Οι αντρες σφάχτηκαν, οι γυναίκες και τα παιδιά πουλήθηκαν και σύρθηκαν στη σκλαβιά και στην ατίμωση. Οι άλλοι που γλύτωσαν σκόρπισαν στα νησιά -Ψαρά. Αίγιαν, Σκύρο, Ύδρα, Σπέτσες. Μαύρη κι άραχλη η ζωή τους στον αχάριστο αγώνα να οικονομήσουν το ψωμί της προσφυγιάς. Ελευθερία, πόσο ακριβά σ’ αγοράζουν οι λαοί! Η μόνη ευτυχία τούτων των δυστυχισμένων στάθηκε, πως πολλοί απ’ αυτούς πολέμησαν το δυνάστη στεριά και θάλασσα.”(Δημήτρη Φωτιάδη, Η Επανάσταση του ’21, Αθήνα, εκδ. Μέλισσα, 1971, σελ. 111.)
Οι διωγμοί δεν τελείωσαν με την καταστροφή του Αϊβαλιού αλλά συνεχίστηκαν ως το Δεκέμβριο στη Σμύρνη και στο Κουσάντασι. Μεγάλος αριθμός των κατοίκων αναγκάστηκε να εγκαταλείψει την Ιωνία και να καταφύγει στην Ελλάδα. Ως πρώτοι κάτοικοι του Πειραιά, το 1834, καταγράφονται 150 πρόσφυγες από τη Χίο και την Ιωνία. (Λ. Λεοντίδου, Πόλεις της σιωπής. Εργατικός εποικισμός της Αθήνας και του Πειραιά, 1909-1940)
Το 1826 ο Σμυρνιός Ιωάννης Καρόγλου συγκροτεί στην Πελοπόννησο την “Ιώνιο Φάλαγγα”. Εφεξής, ένα μέρος των Ιώνων, θα συμμετέχουν συγκροτημένα στην Επανάσταση. Συγκεκριμένα, όπως προκύπτει από το σχετικό δημοσίευμα της “Γενικής Εφημερίδος της Ελλάδος” στις 24 Ιουλίου 1826, συγκροτήθηκε στο Ναύπλιο δύο μήνες μετά την πτώση του Μεσολογγίου. Σκοπός της Φάλαγγας ήταν “… η εις εν σώμα ένωσις των εις την ελευθέραν Ελλάδα ευρισκομένων και υπό διαφόρους αρχηγούς διεσπαρμένων Ιώνων… δια να κατασταθώσιν ούτω χρησιμώτεροι εις τον υπέρ της ελευθερίας ιερού ελληνικού αγώνα.”
Η Ιώνιος Φάλαγγα εκστράτευσε στη νότια Πελοπόννησο για να αντιμετωπίσει τον Ιμπραήμ. Έλαβε μέρος στις μάχες του χωριού Μεχμέταγά και του Μπασαρά, όπου και διακρίθηκε. Το φθινόπωρο του ’26 πολέμησε στην Αττική. Συμμετείχε στις μάχες της Δόμβραινας, της Αράχοβας, του Διστόμου και της Ακρόπολης των Αθηνών. Το ιωνικό αυτό στρατιωτικό σώμα διαλύθηκε το 1827, μετά την αποτυχημένη εκστρατεία του Φαβιέρου στη Χίο. Οι περισσότεροι από τους άντρες του επέστρεψαν στο Ναύπλιο. Αργότερα εντάχθηκαν στις στρατιωτικές ομάδες που οργάνωσε ο Καποδίστριας.
Μετά την ίδρυση του ελληνικού κράτους αρκετοί πρόσφυγες θα επιστρέψουν στις ιωνικές τους εστίες. (Γ. Αναστασιάδη, “Η συμβολή των Μικρασιατών εις την εθνικήν αναγέννησιν”, Μικρασιατικά Χρονικά, τεύχ. 1, 1938.)