Ως συμβολική ημέρα της έναρξης της Γενοκτονίας των Ελλήνων της Μικράς Ασίας θεωρείται η 12η Ιανουαρίου 1914. Τότε ο Άγιος Χρυσόστομος γράφει στον Πατριάρχη:
« …Θεωρώ καθήκον να γνωρίσω, ότι συστηματικός διωγμός ήρχισεν ασκούμενος κατά των κατοικούντων τα παράλια της Μ. Ασίας πληθυσμών, αι εκδηλώσεις του οποίου ρίπτουσιν εις την απόγνωσιν τους περιφόβους Χριστιανούς».
Οι διωγμοί των Ελλήνων από τον Ιανουάριο του 1914 και μετά εντείνονται και ο Αγιος Χρυσόστομος τους καταγράφει περιγράφοντας σχεδόν καθημερινά στον Πατριάρχη την τραγική κατάσταση. Η Φώκαια (Παλαιά και Νέα) καταστρέφεται και οι κάτοικοι της αλλόφρονες επιχειρούν να διαφύγουν προς τη θάλασσα για να σωθούν από τον θάνατο και την ατίμωση, η Μαινεμένη και η Πέργαμος υποφέρουν από τις επιθέσεις των οθωμανών, το ίδιο τα Βουρλά, το Σιβρισάρι, ο Βουτζάς, ο Βουρνόβας, καταστροφές ιδιοκτησιών και δολοφονίες Ελλήνων συμβαίνουν εις Καράβουρνα, Σαΐπιον, Αχιρλή, Μολδοβάνι, Γενί Λιμάν, Αδραμύττιον, Θείρα, Φιλαδέλφεια, Σεϊδίκιοϊ, Ναζλή, Νύμφαιο, Πάρσα, και αλλού.
Την 1η Ιουλίου του 1914 ο Αγιος Μητροπολίτης Σμύρνης ενημερώνει τον Πατριάρχη ότι η κατάσταση «εξακολουθεί από του κακού εις το χείρον». Ο Πατριάρχης αντιλαμβανόμενος την τραγική κατάσταση των Ελλήνων κηρύσσει την Εκκλησία «εν διωγμώ» και κλείνουν οι ναοί και τα σχολεία. Όμως και η απονενοημένη αυτή ενέργεια δεν εμποδίζει τους οθωμανούς να συνεχίσουν το αποτρόπαιο έργο τους και να φτάσουν στο σημείο στις 20 Αυγούστου του 1914 βιαίως να απελάσουν από τη Μητρόπολή του τον Αγιο Μητροπολίτη Σμύρνης.