Η πιο σημαντική δραστηριότητα της Αρμοστείας υπήρξε η ίδρυση του Ιωνικού Πανεπιστημίου. Με παρέμβαση του Ελ. Βενιζέλου, κλήθηκε ο Κωνσταντίνος Καραθεοδωρή και του ανατέθηκε η ίδρυση και οργάνωση του Ιωνικού Πανεπιστημίου, με το μεγάλο όραμα να ενώσει τη σοφία της Ανατολής με τη γνώση της Δύσης. Ο Καραθεοδωρή παρά τη ζηλευτή θέση του στο Πανεπιστήμιο του Βερολίνου αποδέχεται την πρόταση, αφού μεγάλωσε και ανατράφηκε με την ιδέα της ειρηνικής συνύπαρξης των λαών της περιοχής τής «καθ” ημάς Ανατολής», έχοντας συνειδητοποιήσει την υπερεθνική αξία του αρχαίου ελληνικού πολιτισμού και την αφομοιωτική του δύναμη.
Όντας αποδεκτός απ” όλους τους δυτικοευρωπαϊκούς ακαδημαϊκούς κύκλους, αποτελούσε το ιδανικό άτομο για την ανάληψη αυτού του μεγαλόπνοου έργου. Σε υπόμνημά του προς τον Βενιζέλο, καταγράφει τον ρόλο της νέας Ελλάδας στην Ανατολή, που θα είχε στόχο την εγκαθίδρυση κράτους δικαίου, εξασφαλίζοντας στους σύνοικους λαούς ισονομία και ισοπολιτεία, διατηρώντας τον πολυφυλετικό και πολυπολιτισμικό χαρακτήρα της «καθ” ημάς Ανατολής», μυώντας στον πολιτισμό όσους εξαιτίας της οθωμανικής κακοδιοίκησης εξακολουθούσαν να ζουν στην αμάθεια και τη βαρβαρότητα. Ένα όραμα που παραπέμπει στον μεγάλο διανοητή Ρήγα Βελεστινλή.
Με την άφιξή του στη Σμύρνη τίθενται στη διάθεσή του δύο μεγάλα ημιτελή κτήρια για εγκατάσταση του πανεπιστημίου, τα οποία συμπληρώθηκαν και διαρρυθμίστηκαν. Επιλέγει ως έμβλημα του πανεπιστημίου το «Εx Οriente Lux», δηλαδή «Φως εξ Ανατολών».
Ο εμπνευσμένος επιστήμονας ταξιδεύει στο Βερολίνο και τη Λειψία, όπου προβαίνει σε αγορά δυσεύρετων και σπάνιων βιβλίων για τη Μικρασία, που είχαν συγκεντρώσει οι Αυστριακοί αρχαιολόγοι στην Έφεσο, από τις ανασκαφές που έγιναν εκεί κατά τα έτη του Α” Παγκοσμίου Πολέμου. Δημιούργησε μια πλούσια βιβλιοθήκη από 20.000 συγγράμματα και βιβλία, θεωρώντας την ως τη σπονδυλική στήλη του πανεπιστημίου. Προμηθεύτηκε όργανα μικροβιολογικού εργαστηρίου και ειδικό υλικό. Αγόρασε 8.000 όργανα Φυσικής και Χημείας. Προσκάλεσε ονομαστούς Έλληνες και ξένους καθηγητές για τη στελέχωσή του.
Τα πρώτα σχέδιά του προέβλεπαν την ίδρυση σχολών που σχετίζονται με την αξιοποίηση της περιοχής, ήτοι Γεωπονική Σχολή, Σχολή Φυσικών και Μηχανικών Σπουδών και Υγειονομικό Εργαστήριο. Αργότερα έγινε λόγος για Σχολή Εθνολογίας, Σχολή Δημόσιας Διοίκησης, Τμήμα Εμπορικών Σπουδών. Προβλεπόταν Πειραματικό Αγρόκτημα.
Επίσης προγραμμάτισε την ίδρυση Σχολής Ανατολικών Γλωσσών, αλλά η βίαιη επέλαση των Τούρκων εκμηδένισε τα όνειρα και τις ελπίδες του, που βρήκαν το απότομο τέλος τους μέσα στις φλόγες της Σμύρνης. Στα μέσα Αυγούστου του 1922 σημειώθηκε η κατάρρευση του μικρασιατικού μετώπου και τον Σεπτέμβριο επήλθε η πλήρης καταστροφή. Όλα ματαιώθηκαν και διαλύθηκαν με τον χειρότερο τρόπο. Η ίδρυση όμως ελληνικού πανεπιστημίου στη Σμύρνη μένει φωτεινό παράδειγμα στην ιστορία του μικρασιατικού Ελληνισμού. Και σύμφωνα με τον ποιητή:
Ό,τι παρήλθε πέρασε και δεν ξαναγυρίζει.
Μ” αν είχε λάμψη δυνατή και πάλι θα φωτίζει.
Μέσα στη δίνη της καταστροφής, καταφέρνει να επιβιβαστεί, κυριολεκτικά το τελευταίο λεπτό, στο τελευταίο καΐκι που έφευγε από την προκυμαία, αφού πέτυχε να φορτωθούν για την Αθήνα τα βιβλία και το εργαστηριακό υλικό του πανεπιστημίου. Ο τότε πρόξενος των ΗΠΑ Τζορτζ Χόρτον γράφει στο βιβλίο του, το σχετικό με τα τραγικά γεγονότα της εποχής εκείνης:
«Ένας από τους τελευταίους Έλληνες που είδα στους δρόμους της Σμύρνης, πριν από την είσοδο των Τούρκων, ήταν ο καθηγητής Καραθεοδωρή, πρύτανης του καταδικασμένου εν τη γενέσει του πανεπιστημίου. Όταν αναχώρησε ο Καραθεοδωρή από τη Σμύρνη, ήταν σαν να έφευγε από τη Μικρά Ασία η ενσάρκωση της ελληνικής ευφυΐας, της Τέχνης και του Πολιτισμού».
Τα διασωθέντα βιβλία και όργανα μεταφέρθηκαν στη μητροπολιτική Ελλάδα και κατανεμήθηκαν σε διάφορες σχολές του Πανεπιστημίου Αθηνών και άλλα επιστημονικά ιδρύματα.
Νομίσματα των Κλαζομενών.
Στην φωτογραφία του νομίσματος των Κλαζομενών υπάρχει η απεικόνηση του Απόλλωνα στη μία επιφάνεια, η οποία χρησιμοποιήθηκε για το έμβλημα του Πανεπιστημίου της Σμύρνης.
Θεώρησα ότι αξίζει να γίνει γνωστό ότι το «Φως εξ” Ανατολών»,που δυστυχώς η τύχη δεν ευόδωσε να λειτουργήσει, αν και ήταν πανέτοιμο, είχε επιλέξει την του εκ Κλαζομεμενών νομίσματος απεικόνηση του Απόλλωνα για έμβλημά του..
Μία ακόμη επιτυχία του Μουσείου Καραθεοδωρή σημειώθηκε με την απόκτηση από δημοπρασία της σφραγίδας του Πανεπιστημίου Σμύρνης με το έμβλημα «Φως εξ ανατολών».
Το αποτύπωμα είναι σε ισπανικό βουλοκέρι· στο κέντρο της σφραγίδας απεικονίζεται η κεφαλή του Απόλλωνα, εμπνευσμένη από τετράδραχμο των αρχαίων Κλαζομενών. Φαίνεται πιθανό πως η παραγγελία έγινε από τον οργανωτή του πανεπιστημίου, Κωνσταντίνο Καραθεοδωρή.
ΠΗΓΕΣ: «Μικρασιατικά Χρονικά», «Χανιώτικα Νέα», «Κωνσταντίνος Καραθεοδωρή» των Δέσποινας Καραθεοδωρή-Ροδοπούλου και Δέσποινας Βλαχοστεργίου-Βασβατέκη και Αρχείο Ενωσης Βουρλιωτών Μ.Ασίας.