Οι Κυδωνίες ιδρύθηκαν στις αρχές του 17ου αιώνα. Η Τουρκική ονομασία της πόλης προέρχεται από το ayva (αϊβά) = κυδώνι.
Την πόλη ανάδειξε ο παπά Ιωάννης Δημητρακέλης (1735-1791), γνωστός με το όνομα παπά Γιάννης Οικονόμος, ο οποίος πέτυχε με αυτοκρατορικό φιρμάνι, με τη βοήθεια του δραγουμάνου του στόλου Νικολάου Μαυρογένη, μια απόλυτα προνομιακή διοικητική μεταχείριση. Με το φιρμάνι αυτό οι Κυδωνίες αναγνωρίζονται σαν αμιγής χριστιανική κοινότητα επικεφαλής της οποίας ήταν τρεις δημογέροντες, και δυο Τούρκοι αξιωματούχοι. Ο κατής και ο αγάς ή βοεβόδας. Εκμεταλλευόμενος αυτό το προνόμιο, έκτισε το 1780 τη μεγαλοπρεπή εκκλησία της Παναγίας των Ορφανών, βρεφοκομείο, σχολεία, την Ελληνική Σχολή η οποία από το 1792 ονομάστηκε Διδότειος Ακαδημία, αξιόλογη βιβλιοθήκη αρχαίων Ελλήνων συγγραφέων, αλλά και νοσοκομείο.
Στην Ακαδημία των Κυδωνιών που υπήρξε ένα από τα αξιολογότερα εκπαιδευτικά ιδρύματα του τουρκοκρατούμενου Ελληνισμού, ο Βενιαμίν Λέσβιος δίδαξε φιλοσοφία, μαθηματικά και φυσιογνωστικές επιστήμες, μαθήματα «καινοφανή» για την εποχή, γεγονός που προκάλεσε την αντίδραση εκκλησιαστικών κύκλων και διωγμό εναντίον του σοφού λογίου. Το 1811 τη διεύθυνση της Ακαδημίας ανέλαβε ο επίσης ονομαστός λόγιος Θεόφιλος Καΐρης και δίδαξε ως τις αρχές του 1821, όταν μυημένος στη Φιλική Εταιρεία, εγκατέλειψε τις Κυδωνίες για να λάβει μέρος στην Ελληνική Επανάσταση του 1821. Παράλληλα, δίδαξε και ο Γρηγόριος Σαράφης, ενώ μαθητές της Ακαδημίας, κυρίως Έλληνες, τίμησαν αργότερα τα ελληνικά γράμματα. Στην Ακαδημία φοίτησαν και λίγοι Βούλγαροι και Ρουμάνοι. Το 1819, ο Κυδωνιάτης Κωνσταντίνος Τόμπρας, που με φροντίδα της κοινότητας είχε εκπαιδευθεί στα τυπογραφεία του Ντιντό (Didot) στο Παρίσι, ανέλαβε τη διεύθυνση τυπογραφείου που ιδρύθηκε στην πόλη για την εξυπηρέτηση των αναγκών της Σχολής.
Προσέλκυσε εποίκους από την Πελοποννησιακή Μάνη (μεγάλη συνοικία Μοραΐτικα), Ηπειρώτες, Μακεδόνες και Θεσσαλούς. Την ίδια περίοδο, καλλιεργήθηκαν τα γράμματα και ιδρύθηκε η περίφημη Ακαδημία και το τυπογραφείο.
Ολόκληρη η πόλη των Κυδωνιών καταστράφηκε από τον τουρκικό στρατό, που μπήκε στην πόλη στις 2 Ιούνη 1821 για να εκδικηθεί για την πυρπόληση τουρκικού δίκροτου στις 27 Μάη 1821στην Ερεσό.
Στις 3 Ιούνη ο Ιωάννης Φιλήμων αναφέρει χαρακτηριστικά:
«Η πυρκαϊά, άμα τεθείσα, ηυξήθη κολοσσιαία, ένεκα των πολλών ελαιουργείων και ελαιοπωλείων· οι ναοί, η σχολή, η βιβλιοθήκη και πάντα τα καταστήματα κατέπεσαν ολόκαυστα. Πατέρες, σύζυγοι, τέκνα, περιέτρεχον από του ενός εις το άλλο μέρος τρομώδη και αμηχανούντα, όπως διεκφύγωσι την σφαγήν… Ούτω κατεστράφη η πόλις των Κυδωνιών, σφαγείσα και αιχμαλωτισθείσα κατά το εν τρίτον, λεηλατηθείσα κατά το όλον και αποτεφρωθείσα κατά κράτος.»
Όσοι από τους κατοίκους δεν σφάχτηκαν, διασκορπίστηκαν σε διάφορα μέρη τόσο στην περιοχή της Μικράς Ασίας, όσο και στην Ελλάδα (Ψαρά και Πελοπόννησο). Μετά την αποκατάσταση της κατάστασης, στα 1927, μόνο το ένα τέταρτο από τους φυγάδες κατοίκους επέστρεψε στην κατεστραμμένη πόλη και άρχισε η ανοικοδόμησή της με ταχύ ρυθμό. Το 1842 οι κάτοικοι είχαν ανέλθει σε 18.000 και η αύξηση του πληθυσμού συνεχίστηκε.
Η πόλη βρίσκεται στο βάθος ενός φυσικού λιμανιού και προφυλάσσεται από τα Μοσχονήσια. Το λιμάνι έχει δυο εισόδους. Τη μεταξύ Μοσχονησίου και της χερσονήσου Σαρμουσάκη και τη δεύτερη μεταξύ Μοσχονησίου και Κρεμμυδονήσου. Εκτείνεται στην παραλία, στους λόφους πάνω από την παραλία και στην ενδιάμεση πεδιάδα. Είναι διαιρεμένη σε δύο τμήματα, που τα χώριζε ένας ξεροπόταμος. Οι ντόπιοι τον έλεγαν Ποταμό και πήγαζε από τους λόφους του Αγίου Αντωνίου και του Προφήτη Ηλία και χυνόταν στο μέρος της πόλης που ονομάζονταν Παλιομπαξές. Την πάνω χώρα προς βορά και την κάτω χώρα προς το νότο. Έχει 11 συνοικίες και ένα προάστιο, το Φάληρο ή Φαληράκι. Στο Αϊβαλί κατοικούν 30.000 κάτοικοι όλοι Έλληνες, οι οποίοι διαμένουν σε 6.000 σπίτια. Όλα τα σπίτια είναι ωραία και πετρόκτιστα. Τα περισσότερα διώροφα Οι δρόμοι είναι ευθείς, καλντερίμια (πέτρα), αλλά στενοί εκτός από τρεις κεντρικούς οι οποίοι θα μπορούσαν να χαρακτηριστούν λεωφόροι.
Το Αϊβαλί πριν την καταστροφή
Η πόλη των Κυδωνιών έχει 12 εκκλησίες, 2 μοναστήρια του Αγίου Νικολάου, μέσα στο πευκόφυτο δάσος στην περιοχή Λίμνη, κοντά στο Γενιτσαροχώρι που κατοικούνταν αποκλειστικά από Έλληνες και του Αγίου Γεωργίου, πάνω στο νησάκι Νησοπούλα, όπου υπάρχει και ο τάφος του Αγίου. Υπάρχει επίσης ένα τζαμί, 8 δημοτικά σχολεία, το Γυμνάσιο Οικονόμου, ένα νοσοκομείο, ένα ορφανοτροφείο, γυμναστήριο, 2 πανδοχεία, ένα λουτρώνα (χαμάμ), 2 ξενοδοχεία, 2 εστιατόρια, 3 μεγάλα καφενεία και 70 μικρότερα, 53 οινοπωλεία, 1.000 εμπορικά καταστήματα, 45 αρτοποιεία, 70 ελαιοτριβεία, 12 εργοστάσια επεξεργασίας ελαιών και σαπουνιών, 25 ανεμόμυλους και ατμόμυλους, 80 βυρσοδεψεία τα περισσότερα ατμοκίνητα, διοικητήριο, τηλεγραφείο, 3 αστυνομικά τμήματα, γραφείο εμμέσων φόρων και Δημοσίου Χρέους, αγροκήπιο του γεωργικού συνδέσμου και δημαρχείο.
Η περιοχή των Κυδωνιών είχε 80.000 στρέμματα με ελαιοφυτίες και εξάγει πάνω από 4.000.000 οκάδες λάδια άριστης ποιότητας, σαπούνια, ρακή, κρασιά, αλεύρια, κατεργασμένα δέρματα, βελανίδια και ώχρα. Μαζί με το Μοσχονήσι έχει αναπτυγμένη αλιεία και πολλές ακτοπλοϊκές συνδέσεις. Οδικά συνδέονταν με αμαξωτό δρόμο με την Πέργαμο (Pergama), το Αδραμύτιο (Edremit), την Προύσα (Bursa) και το Μπαλήκ Εσήρ (Balıkesir).
Ένα χρόνο μετά την ανακήρυξη του Συντάγματος του 1914, στα 1915, με την έναρξη του Ευρωπαϊκού πολέμου και με πρόφαση τον αφοπλισμό των κατοίκων, οι Τούρκοι μπήκαν στην πόλη και άρπαξαν μέσα από τα σπίτια πολλές χιλιάδες χρυσές λίρες και επίταξαν ότι αξιόλογο εμπόρευμα υπήρχε στις αποθήκες και στα κελάρια (λάδια, ρακές, μαλλιά κλπ). Οι κάτοικοι εκτοπίστηκαν στα ενδότερα της Ανατολής, στο Βιλετζήκ/Bileçik (Ελληνική Βηλοκώμη), στα Κιουπλιά/ Küplü, στο Σογιούτ/Soyut, και μερικοί ακόμα πιο βαθειά, στο Εσκί Σεχίρ/Eskı Şehır (Αρχαίο Δορύλαιον), στην Κιουτάχεια/Kütahya (Αρχαίο Κοτύαιον) και στο Αφιόν Καραχισάρ/Afyon Karahisar (Αρχαίο Ακροϊνόν, Νεότερη Ελληνική ονομασία Νικόπολη). Στις περιοχές αυτές ζούσαν πουλώντας τα ελάχιστα εσώρουχα τα οποία είχαν πάρει μαζί τους και κατόπιν, αφού τελείωσαν, ζούσαν ζητιανεύοντας στους δρόμους. Στα μέρη που μετατοπίστηκαν υπήρχαν ακμάζουσες Ελληνικές κοινότητες, οι οποίοι τους πρόσφεραν βοήθεια και δεν πέθαναν τουλάχιστον από την πείνα.
Στο Βιλετζήκ/Bileçik (Αρχαία Λινόη, Βυζαντινή Βηλόκωμα ή Βελωκόμη), οι εκπρόσωποι της κυβέρνησης τους έστελναν καθημερινά -μέσα στο χειμώνα- στα δημόσια λουτρά για μπάνιο με παγωμένο νερό, με την πρόφαση της απολύμανσης. Από αυτό το λόγο, πολλοί πέθαναν από πλευρίτιδα. Άλλοι, πάλι, πέθαναν από τύφο. Οι περισσότερες κοπέλες πάνω από 13 με 14 χρονών βιάστηκαν από τους υπαλλήλους του Τουρκικού κράτους.
Μετά την ανακωχή της 11ης Νοέμβρη 1918, οι κάτοικοι επέστρεψαν στις Κυδωνίες και βρήκαν τα σπίτια τους να τους περιμένουν με ορθάνοιχτες τις πόρτες, αλλά λεηλατημένα…
Από τα παιδιά όμως του Ορφανοτροφείου, ελάχιστα επέστρεψαν. Τα περισσότερα πέθαναν κατά τη διάρκεια της εκτόπισης από τις στερήσεις και τις κακουχίες.
Στις 16 Μάη 1919 ο ελληνικός στρατός κατέλαβε τις Κυδωνίες, σύμφωνα με το σχέδιο του ελληνικού στρατηγείου.
Η υποχώρηση όμως του ελληνικού στρατού είχε τραγικές συνέπειες τόσο για τις Κυδωνίες όσο και για το γειτονικό Μοσχονήσι.
Στις 29 Αυγούστου 1922 μπήκαν στην πόλη τα πρώτα τουρκικά στρατιωτικά τμήματα, που ενισχύθηκαν στις6 Σεπτέμβρη. Οι άνδρες στάλθηκαν σε στρατόπεδα στο εσωτερικό, άλλοι εκτελέστηκαν και ελάχιστοι μόνο σώθηκαν, οι οποίοι μαζί με τα γυναικόπαιδα κατέφυγαν στη Λέσβο και από κει σε άλλες περιοχές της Ελλάδας. Θύμα του τουρκικού φανατισμού υπήρξε και ο μητροπολίτης Μοσχονησίων Γρηγόριος, που είχε αρνηθεί να εγκαταλείψει την πόλη.
Μεγάλος αριθμός λογίων κατάγονται από τις Κυδωνίες, γνωστότεροι από τους οποίους είναι οι λογοτέχνες Φώτης Κόντογλου, Ηλίας Βενέζης και Στρατής Δούκας.
Στις Κυδωνίες, μετά την καταστροφή, κατά την ανταλλαγή των πληθυσμών, εγκαταστάθηκαν Τούρκοι από τη Λέσβο και από τη Μακεδονία καθώς και Κρητικοί μουσουλμάνοι από τις περιοχές των Χανίων και του Ρεθύμνου, οι οποίοι μέχρι σήμερα μιλούν τα Ελληνικά στην τοπική Κρητική διάλεκτο.
Μοσχονήσια (Τζούντα-Cunda)
Τα Μοσχονήσια βρίσκονται στον Αδραμυττηνό κόλπο, μπροστά από την πόλη των Κυδωνιών και είναι 20. Άλλα 20 επίσης, είναι σκόπελοι. Η παλιά ονομασία του συμπλέγματος ήταν «Εκατόνησα». Το πιο μεγάλο κατοικημένο λέγεται Μοσχονήσι (Τουρκικά Alibey ή Cunda). Είναι η αρχαία Νάσος. Τα άλλα επτά μεγάλα νησιά της συστάδας των Μοσχονησίων είναι ο Πύργος (Πορσελάνη των αρχαίων), το Δασκαλί, το Λειψό, η Κάλαμος, το Κρεμμύδι το οποίο επίσης κατοικείται και παρεμβάλλεται μεταξύ Μοσχονήσι και Αϊβαλί, Μοσχόπουλο και το Γυμνό.
Το Μοσχονήσι κατοικήθηκε αρχικά από Αιολείς κατά τον πρώτο Ελληνικό αποικισμό. Ξανακατοικήθηκε τον 10ο αιώνα μ.Χ. Στα χρόνια της Άλωσης καταστράφηκε από τους πειρατές, αλλά οικοδομήθηκε ξανά από τους επιζήσαντες κατοίκους και από Λέσβιους. Καταστράφηκε για δεύτερη φορά μαζί με τις Κυδωνίες το 1821 και το 1915.
Οι κάτοικοι του Μοσχονησιού ήταν 9.000, όλοι Έλληνες και ασχολούνταν με τη γεωργία, τη ναυτιλία, την αλιεία σπόγγων και χταποδιών. Οι Μοσχονησιώτες ήταν ιδιοκτήτες 150 μικρών και μεγάλων ιστιοφόρων τα οποία ναυπηγούσαν στο νησί με ξυλεία από το όρος Ίδη (Kaz dağı).
Στα νησιά υπάρχουν 5 εκκλησίες με κυριότερες των Ταξιαρχών/Camlı manastır, του Αγίου Αποστόλου/Aya Apostolos manastır, και της Ευαγγελίστριας/Kızlar manastır και 5 Βυζαντινά μοναστήρια: η Λέκκα Παναγιά/Koruyan Meriyem manastır, το Σεληνόφωτο μοναστήρι ή Μονή Αγίου Δημητρίου, το Μοναστήρι του Προδρόμου/Tavuk adası manastır, το Μοναστήρι του Αγίου Γεωργίου/Yuvercin adası manastır και το Μοναστήρι του Προφήτη Ηλία/İliyas Reygamber manastır.
Οι περιουσίες των κατοίκων βρισκόταν τόσο πάνω στα νησιά, όσο και στα απέναντι μικρασιατικά παράλια. Είχαν πολύ μεγάλη παραγωγή σιτηρών, κρασιών, λαδιού, σαπουνιού και παστών ψαριών.
Και οι 9.000 Έλληνες κάτοικοι μετατοπίστηκαν από τους Τούρκους στο εσωτερικό και συγκεκριμένα στο Πελτάζ, Βιλετζήκ, Σογιούτ, Δορύλαιο, Κιουτάχεια και Αφιόν Καραχισάρ. Από αυτούς μόνο οι 4.000 επέστρεψαν στο Μοσχονήσι.
Με την συμφωνία για την ανταλλαγή των πληθυσμών που υπογράφηκε στις 30 Γενάρη 1923, στο νησί μεταφέρθηκαν σαν πρόσφυγες Τούρκοι από τη Μυτιλήνη και Κρητικοί μουσουλμάνοι, κυρίως από τα Χανιά και από το Ρέθυμνο. Για όσα χρόνια αποτελούσε ξεχωριστό από το Αϊβαλί δήμο, οι κάτοικοι του Μοσχονησιού εξέλεγαν πάντα δήμαρχο Κρητικής καταγωγής.Τον Αλή Γιασλιδάκη (Ali Onay/Αλή Ονάι), ο οποίος έχει γεννηθεί το 1918 στο Ρέθυμνο.
Ευθύμης Λεκάκης.Νομικός, Ιστορικός ερευνητής.