Η ἐκκλησία τῆς Παναγίας τῶν Βρυούλων χτίστηκε γιά τρίτη φορά τό 1796 «ἐκ βάθρων ὡς ὁρᾶται νῦν… προστασία τοῦ ἐνδοξοτάτου καί φιλοχρίστου ἄρχοντος διερμηνευτοῦ τοῦ βασιλικοῦ (σουλτανικοῦ) στόλου κυρίου Χαντζερῆ». Γιατί ὅμως ξανακτίστηκε, τρίτη ἤδη φορά, ἡ «Παναγία»; Προφανῶς ἐπειδή ἦταν πολύ μικρή καί δέν ἐπαρκοῦσε γιά τίς ἀνάγκες τῶν Βουρλιωτῶν πού ὄλο καί αὐξάνονταν, εἴτε ἐπειδή ὁ προηγούμενος μικρός ναός εἶχε καταστραφεῖ ἀπό σεισμό ἤ πυρκαγιά, ἔνοιωθαν τήν ἀνάγκη καί τό χρέος νά ξαναφτιάξουν τήν ἐκκλησία τους. Ἔτσι ὅταν ἔφθασε ὁ σουλτανικός στόλος στήν Σμύρνη, καί πιθανότατα νά ἄραξε καί στήν Σκάλα τῶν Βουρλῶν, ὁ διερμηνέας τους ἦταν ὁ Κων. Χατζερῆς, ἀδελφός τοῦ Μητροπολίτη Ἐφέσου. Τόσο ὁ διερμήνεας ὅσο καί ὁ ἀδελφός του ὁ Μητροπολίτης μαζί μέ τούς Βουρλιῶτες, ζήτησαν καί κατάφεραν νά πάρουν τήν ἄδεια τοῦ σουλτάνου νά ξαναχτίσουν τήν Παναγία τους. Εἶναι δέ χαρακτηριστικό ὅτι τήν ἴδια ἐνέργεια ἔκαναν καί οἱ κάτοικοι τῆς Σμύρνης καί πῆραν τήν ἄδεια νά φτιάξουν τήν περιβόητη Ἁγ. Φωτεινή. Καί οἱ δύο ναοί ἔχουν τήν ἴδια ἀρχιτεκτονική καί διακόσμηση.
Ἑβδομήντα χρόνια ἀργότερα, γύρω στά 1860 γίνονται προσθῆκες οἰκοδομικές στήν Παναγία καί χτίζεται ἕνα κτήριο στό δυτικό τμῆμα τοῦ περιβόλου τῆς ἐκκλησίας πού στεγάζει τά διαμερίσματα τοῦ ἀρχιερατικοῦ ἐπιτρόπου καθώς καί αἴθουσες καί γραφεῖα τῆς Δημογεροντίας.
Ἡ ἐκκλησία ἦταν τρίκλητη βασιλική χωρίς τροῦλο καί μέ ὕψος σχετικά χαμηλό. Ὁ τοῖχος τοῦ περιβόλου της ἦταν πολύ ψηλός, τόσο ὥστε νά μήν φαίνεται καθόλου ἀπό τόν δρόμο ἡ ἐκκλησία ὥστε νά μήν προκαλεῖ τούς Μουσουλμάνους. Μπαίνοντας στόν περίβολο κατεβαίναν δύο τρία σκαλοπάτια σέ μιά πρώτη αὐλή καί κατόπιν ἄλλα πέντε -ἕξη πρός τήν κυρία αὐλή μπροστά στό νάρθηκα. Ἀπό τό νάρθηκα πάλι μπαίνοντας στόν κυρίως ναό κατέβαιναν ἄλλο ἕνα σκαλοπάτι. Εἶναι δέ χαρακτηριστικό ὅτι αὐτό τό μάρμαρο ἀπό τήν πολύ χρήση ἦταν πολυφαγωμένο. Στόν νάρθηκα πού ἦταν ἀρκετά εὐρύχωρος, καί δίπλα στήν κεντρική εἴσοδο τοῦ ναοῦ βρισκόταν τό παγκάρι μέ τά κεριά. Πάνω ἀπό τόν νάρθηκα ἦταν ὀ γυναικωνίτης, κλεισμένος μέ καφασωτά τά ὁποῖα τά κατήργησαν μετά τήν ἀπελευθέρωση τοῦ 1919.
Τό τέμπλο ἦταν ξύλινο, σκαλιστό μέ μεγάλη καλλιτεχνική ἀξία. Ὅπως μαρτυρεῖ ὁ Μηλιώρης πού ἔζησε καί θυμᾶται μέ λεπτομέρειες τά Βουρλά, «Ἀλλά καί σέ μένα προσωπικά διατηρεῖται ζωηρότατη ἡ ἀνάμνηση ἑνός πυκνοῦ καί μέ ποικίλα σκαλίσματα, ἐπιβλητικοῦ καλλιτεχνήματος, μέ χωρίσματα τῶν εἰκόνων καί κολλόνες τό ἴδιο σκαλιστές, μέ κάτι σάν ὲξῶστες ἤ σάν κουβούκλια ἐπάνω καί ἀπό τίς τρεῖς θύρες τοῦ Ἱεροῦ. Ὑψωνόταν δέ τό εἰκονοστάσι αὐτό σχεδόν ὡς τήν ὀροφή τοῦ ναοῦ». Πολλές ἀπό τίς εἰκόνες τοῦ τέμπλου καί τῶν προσκυνηταριῶν ἦταν ἀσημομένες ἀπό τάματα. Ἐπίσης ὑπῆρχαν καί πολλά καντήλια βαριά, πολύφωτα, ἀσημένια, ἀφιερώματα εὐλαβῶν προσκυνητῶν. Ὑπῆρχαν ἐπίσης καί παλιές εἰκόνες.
Ἐκείνη πού πραγματικά ξεχώριζε ἦταν ἡ θαυματουργός εἰκόνα τῆς «Παναγίας» πού βρισκόταν στό τέμπλο, ἀριστερά ἀπό τήν Ὡραία Πύλη τοῦ Ἱεροῦ, καί πού οἱ πιστοί ἀποκαλοῦσαν «Ἡ Χάρη της». Μέ τήν λέξη αὐτή οἱ Βουρλιῶτες ἐννοοῦσαν μόνο τήν εἰκόνα αὐτή τῆς Παναγίας καθώς καί τό πανηγύρι της. Ἡ εἰκόνα τῆς Παναγίας, μέ τό Χριστό στό ἀριστερό χέρι, πράγματι φαινόταν πολύ παλιά. Μιά παράδοση λέει ὅτι εἶναι ἔργο τοῦ Εὐαγγελιστοῦ Λουκᾶ, ἄλλοι λένε ὅτι εἶναι ρωσικῆς τέχνης καί ὅτι εἶναι δῶρο τῆς Τσαρίνας Αἰκατερίνης τῆς Μεγάλης. Ὅπως θυμᾶται ὅμως ὁ Μηλιώρης δέν εἶχε χαρακτηριστικά ρωσικῆς τέχνης. Μπορεῖ νά εἶναι ἔργο τῆς Βυζαντινῆς περιόδου. Τό σίγουρο ἦταν ὅτι ἦταν εἰκόνα πολύ παλαιά πού μόλις ξεχώριζαν τά χαρακτηριστικά τῶν προσώπων τά ξέσκεπα ἀπό τά τάματα.
Οἱ Τοῦρκοι τήν ἀποκαλοῦσαν «Καρά Παναγιά», δηλ. Μαύρη Παναγιά καί γιά τό μαυρισμένο της πρόσωπο, στά τούρκικα καρά σημαίνει μαύρο, ἀλλά καί γιά τόν δυναμισμό καί τό ἐπιβλητικό πού ἐξέπεμπε. Τήν εὐλαβοῦνταν δέ καί πολύ καί τούς ἔκανε συχνά καί θαύματα. Ὅλη ἡ ἐπιφάνεια τῆς εἰκόνας ἦταν σκεπασμένη ἀπό ἀσῆμι καί χρυσάφι. Τά φωτοστέφανα ἦταν ἀπό χρυσό καί πολύτιμα πετράδια εἰδικά πάνω στό στέμμα τῆς Παναγίας ὑπῆρχαν δέκα διαμαντόπετρες. Στό κάτω μέρος τῆς εἰκόνας κρεμόταν ἕνα τόξο ἀπό χρυσά καί ἀσημένια τάματα.
Τήν Παναγία τήν ὀνόμαζαν «Ὁδηγήτρια» καί τήν γιόρταζαν τόν δεκαπενταύγουστο. Στό πανηγύρι ἐρχόταν κόσμος ἀπ’ ὅλη τήν Ἀνατολή καί κατά τήν διάρκεια τοῦ πανηγυριοῦ γίνονταν καί ἱππικοί ἀγῶνες καί ταυρομαχίες (οἱ ταυρομαχίες αὐτές δέν ἦταν σάν τίς ἰσπανικές ἀλλά ἀπλή πάλη μεταξύ δύο ταύρων).
Εἶναι χαρακτηριστικό σχετικό ἄρθρο στήν ἐφημερίδα «Εὐσέβεια» τῆς 22ας Αὑγούστου 1869: «Ἐκ διαφόρων μερῶν εἶχον μεταβεῖ αὐτόθι (στά Βουρλά) πλεῖστοι ὅσοι προσκυνηταί, ὥστε ἡ συρροή ἦτο μεγίστη. Ἡ πόλις τῶν Βρυούλων ὁλόκληρος ὡς καί τό ἐπίνειον αὐτῆς (ἡ Σκάλα), ἐφαίνοντο οἰονεί ξένη τις αἰφνιδία ἀποικία. Τό ἐσωτερικόν τοῦ ἑορτάζοντος ναοῦ, τά ἐντός τοῦ περιβόλου αὐτοῦ διάφορα δωμάτια, ἤ κελλία καί ὅλα τά πέριξ αὐτοῦ κατείχοντο ὑπό τοσούτου πλήθους, ὥστε καί ἄκων ἀνεμιμνήσκετό τις τήν τοῦ Σιλωάμ κολυμβήθραν. Τήν ἑπομένη τῆς ἑορτῆς ἡμέρα ἐγένετο συνήθης λιτανεία, προπορευομένων τῶν ἐξαπτερύγων καί ἑπομένων τῶν εἰκόνων ἀπό τοῦ ἑορτάζοντος ναοῦ μέχρι τοῦ ἑτέρου, τοῦ Ἁγ. Γεωργίου. Ταύτην συνόδευεν ἅπαν τό πλῆθος ἡγουμένων τοῦ Ἁγ. Ἐρυθρῶν καί τοῦ κλήρου. Καθ’ ὄλον τό διάστημα τῆς περιοδείας ἵσταντο ἀπό καιροῦ εἰς καιρόν οἱ τάς εἰκόνας φέροντες, ἵνα διέρχωνται ὑπ’ αὐτάς οἱ εὐλαβέστεροι τῶν χριστιανῶν (ἔσκυβαν δηλ. οἱ πιστοί γιά νά περάσει ἀπό πάνω τους ἡ θαυματουργός εἰκόνα) καί περιτρίβωσιν ἐπί τῆς ὄψεως αὐτῶν μικρά τεμάχια βάμβακος, τά ὁποῖα ἐπίτηδες εἶχον προμηθευτεῖ, ὅπως τοῖς χρησιμεύωσιν ἐν τῶ μέλλοντι ὡς φυλακτήρια. Μετά τήν τελετήν ταύτην, ἐπανῆλθεν ἕκαστος εἰς τά ἴδια μέχρι τοῦ δειλινοῦ, ὅτε ἐπανελήφθη ἐπί τό σπουδαιότερον ἡ ταυρομαχία, ἥν ἐπηκολούθησαν ἁψιμαχία ἱππέων άρκούντως γεγυμνασμένων εἰς τό ρίπτειν τό ἀκόντιον καί ἐξασκεῖν τούς διαφόρους ἐλιγμούς, τάς στροφάς καί τάς κλίσεις τοῦ τακτικοῦ ἱππικοῦ. Τοῦτο διήρκησε μέχρι τῆς ἑσπέρας, ὅτε διελύθη πλέον τό πλῆθος, ἐπανακάμψας εἰς τάς εὐθυμίας καί τούς χορούς. Ἐξ ὅλων τούτων, καταλήγει ἡ ἐφημερίδα, «ἡ πανήγυρις φαίνεται ὅλως θρησκευτική, ἀλλά δέν στερεῖται καί τῶν διασκεδάσεων ἐκείνων τῶν ἀναγομένων εἰς ἄλλους χρόνους πολύ προγενέστερους».
Πρέπει ἀκόμη νά ποῦμε γιά τήν ἐκκλησία τῆς Παναγίας τῶν Βουρλῶν ὅτι διέθετε μεγάλη κινητή καί ἀκίνητη περιουσία. Σπίτια, μαγαζιά, ἀμπέλια, ἐλαιόδεντρα βρίσκονταν παντοῦ στά Βουρλά τά ὁποία ἦταν δωρεές ἀνθρώπων πού τά χάριζαν στήν ἐκκλησία νοιώθωντας ἔτσι ἀσφάλεια σέ τόσο δύσκολα χρόνια καί καταστάσεις πού ζοῦσαν. Τό μεγαλύτερο μέρος ἀπό τά ἔσοδα τά χρησιμοποιοῦσαν γιά τήν λειτουργία τῆς Ἀναξαγορείου Σχολῆς.
Ἀπό κινητή περιουσία ἀνεκτίμητης ἀξίας ἦταν κυρίως δύο κειμήλια. Τό πρῶτο ἦταν ἕνα ὕφασμα πού ἦταν ἕνα τεμάχιο ἀπό τό παραπέτασμα τῆς σκηνῆς τοῦ Μ. Ναπολέοντα. Τό κειμήλιο αὐτό ἄλλοι λέγανε ὅτι τό ἔφεραν ἀπό τήν Ρωσσία ἕλληνες καλόγεροι καί τό πρόσφεραν στήν Παναγία γιά κάλυμμα Ἁγ. Τράπεζας καί ἄλλοι ὅτι τό εἶχε ἀγοράσει γιά τάμα στήν Παναγία κάποιος στήν Αἴγυπτο. Τό ἄλλο κειμήλιο ἦταν ἕνα Εὐαγγέλλιο τοῦ 8ου ἤ 9ου αἰῶνα πάνω σέ μεμβράνη.
Τέλος μέσα στό περίβολο τῆς Παναγίας ὑπῆρχε μαζί μέ τήν κατοικία τοῦ Μητροπολίτη πού ἀναφέραμε πιό πάνω καί αἴθουσα δεξιώσεων, Δικαστηρίων, ληξιαρχείου κ.λπ. καί ἀπό πάνω βρισκόταν τό καμπαναριό σχετικό μικρό μέ τέσσερις καμπάνες. Ὑπῆρχε σχέδιο νά φτιαχτεῖ μεγάλο μαρμάρινο κωδωνοστάσιο σάν τῆς Ἁγ. Φωτεινῆς κάτω ἀπό τήν στοά τοῦ ὁποίου θά περνοῦσε ἡ κυρία εἴσοδος τοῦ ἐξωτερικοῦ περιβόλου. Στήν ἐκκλησία τῆς Παναγίας λειτουργοῦσαν ἐκτός ἀπό τόν Ἀρχιερατικό Ἐπίτροπο τέσσερις ἀκόμη ἱερεῖς. Ὑπῆρχε μέχρι καί πυροσβεστική ἀντλία χειροκίνητη γιά περίπτωση πυρκαγιᾶς.